Luận án Nghiên cứu căn nguyên, kết quả điều trị và xác định đường lây truyền của các vi khuẩn đa kháng thuốc gây viêm phổi liên quan đến thở máy bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ 
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI 
TRẦN THỊ HẢI NINH 
NGHIÊN CỨU CĂN NGUYÊN, KẾT QUẢ 
ĐIỀU TRỊ VÀ XÁC ĐỊNH ĐƯỜNG LÂY 
TRUYỀN CỦA CÁC VI KHUẨN ĐA KHÁNG 
THUỐC GÂY VIÊM PHỔI LIÊN QUAN ĐẾN 
THỞ MÁY BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH 
TỰ GEN THẾ HỆ MỚI 
LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC 
HÀ NỘI - 2021
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ 
TRƯỜNG ĐẠI HÀ NỘI HỌC Y 
TRẦN THỊ HẢI NINH 
NGHIÊN CỨU CĂN NGUYÊN, KẾT QUẢ 
ĐIỀU TRỊ VÀ XÁC ĐỊNH ĐƯỜNG LÂY 
TRUYỀN CỦA CÁC VI KHUẨN ĐA KHÁNG 
THUỐC GÂY VIÊM PHỔI LIÊN QUAN ĐẾN 
THỞ MÁY BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH 
TỰ GEN THẾ HỆ MỚI 
Chuyên ngành: Truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới 
Mã số: 62720153 
LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC 
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC 
1. GS.TS NGUYỄN VĂN KÍNH 
2. PGS.TS NGUYỄN VŨ TRUNG 
HÀ NỘI - 2021 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi là Trần Thị Hải Ninh, nghiên cứu sinh khóa 35, Trường Đại học Y Hà 
Nội, chuyên ngành Truyền Nhiễm và các bệnh nhiệt đới, xin cam đoan: 
1. Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn 
của GS.TS. Nguyễn Văn Kính và PGS.TS. Nguyễn Vũ Trung. 
2. Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã 
được công bố tại Việt Nam. 
3. Số liệu trong luận án là một phần số liệu trong Đề tài nghiên cứu mã số 
HNQT/SPĐP/04.16 thuộc chương trình “Hợp tác nghiên cứu song 
phương và đa phương về khoa học và công nghệ đến năm 2020” của 
Bộ Khoa học và Công nghệ, do bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương 
là cơ quan chủ trì đề tài. Tôi đã được chủ nhiệm đề tài và cơ quan chủ 
trì đề tài đồng ý cho phép sử dụng một phần số liệu trong đề tài này vào 
luận án tiến sỹ của mình. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là 
hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã được xác nhận và 
chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu. 
Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam kết này. 
Hà Nội, ngày 04 tháng 01 năm 2022 
Người viết cam đoan 
Trần Thị Hải Ninh 
 LỜI CẢM ƠN 
 Trong quá trình học tập và làm luận án, tôi đã nhận được sự quan tâm, 
giúp đỡ rất nhiều của nhà trường, Bệnh viện, gia đình và bạn bè đồng nghiệp. 
Tôi xin chân thành cảm ơn: 
 Đảng ủy, Ban giám hiệu, Phòng Đào tạo sau đại học - Trường Đại học Y Hà 
Nội. 
 Ban giám đốc, khoa Nội tổng hợp, phòng Kế hoạch tổng hợp, cùng toàn thể 
cán bộ nhân viên Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương. 
 Bộ môn Truyền nhiễm - Trường Đại học Y Hà Nội. 
 Khoa Y, trường ĐH Cambridge; Viện nghiên cứu Sanger – Vương quốc 
Anh; Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng Trường Đại học Oxford tại Hà Nội 
(OUCRU); Hội đồng nghiên cứu y học – Vương quốc Anh; Đại sư quán 
Anh tại Việt Nam. 
 Văn phòng các chương trình Khoa học và Công nghệ Quốc gia, Bộ Khoa 
học và công nghệ Việt Nam. 
Tôi xin chân thành bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới: 
GS.TS. Nguyễn Văn Kính, Chủ tịch Hội Truyền nhiễm Việt Nam, 
Nguyên Giám đốc Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương, Nguyên Chủ nhiệm 
Bộ môn Truyền Nhiễm - Trường Đại học Y Hà Nội, người Thầy đã hết lòng 
giúp đỡ, luôn tạo mọi điều kiện tốt nhất cho tôi học tập và tận tình chỉ bảo, 
hướng dẫn tôi hoàn thành luận án này. 
PGS.TS. Nguyễn Vũ Trung, Phó Cục trưởng Cục Khoa học công nghệ 
và đào tạo – Bộ Y tế, Chủ nhiệm Bộ môn Vi sinh – Kí sinh trùng - Trường Đại 
học Y Hà Nội, Nguyên Phó Giám đốc Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương, 
người Thầy đã dìu dắt, dạy dỗ, chỉ bảo tôi trong suốt quá trình học tập và tạo 
điều kiện, giúp đỡ tôi hoàn thành luận án. 
 Ban giám đốc Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cùng toàn thể các 
bác sĩ, các điều dưỡng, viên chức tại các khoa, phòng đã dành cho tôi nhiều 
tình cảm và nhiệt tình giúp đỡ, chỉ bảo tôi trong suốt quá trình học tập, làm việc 
và hoàn thành luận án. 
 Tôi xin chân thành cảm ơn các Thầy, Cô trong Hội đồng khoa học chấm 
đề cương đã đóng góp những ý kiến quý báu để hoàn thành luận án. 
 Và cuối cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn vô hạn tới cha mẹ, chồng con, 
các anh chị em trong gia đình và bạn bè đã động viên, khích lệ, cổ vũ cho tôi 
về mặt tinh thần để tôi hoàn tất khóa học này, cũng như tạo điều kiện cho tôi 
trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án. 
 Hà nội, ngày 04 tháng 01 năm 2022 
Trần Thị Hải Ninh 
DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT 
AST : The American Thoracic Society 
: Hiệp hội Lồng ngực Hoa Kỳ 
ARDS : Acute Respiratory Distress Syndrome 
 Hội chứng suy hô hấp cấp tiến triển 
BN : Bệnh nhân 
BV : Bệnh viện 
CDC : Centers for Disease Control and Prevention 
 Trung tâm kiểm soát dịch bệnh 
CI : Confidence Interval 
 Khoảng tin cậy 
CLSI : The Clinical and Laboratory Standards Institute 
 Viện Tiêu chuẩn xét nghiệm và lâm sàng 
COPD : Chronic obstructive pulmonary disease 
 Bệnh phổi tắc nghẽn mạn tính 
CRO : Carbapenem-resistant Organism 
 Vi khuẩn kháng carbapenem 
ESBL : Extended-Spectrum Beta-Lactamase 
 Men beta-lactamase phổ rộng 
ESBL-PE : Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing 
Enterobacteriaceae 
 Enterobacteriaceae sinh men beta-lactamase phổ rộng 
EUCAST : The European Committee on Antimicrobial 
Susceptibility Testing 
 Ủy ban Châu Âu về thử độ nhạy cảm kháng sinh 
HIC : High-income country 
 Nước có thu nhập cao 
HSTC Hồi sức tích cực : 
ICU : Intensive Care Unit 
 Đơn vị điều trị tích cực 
KKS Kháng kháng sinh : 
LMIC : Lower-middle-income country 
 Nước có thu nhập trung bình – thấp 
MDR : Multidrug resistance 
 Đa kháng thuốc 
MLST : Multi-locus sequence typing 
 Chuỗi đa locus 
MRSA : Methicillin-resistant Staphylococcus aureus 
 Tụ cầu kháng Methicillin 
NGS : Next Generation Sequencing 
 Giải trình tự gen thế hệ mới 
NKBV Nhiễm khuẩn bệnh viện : 
NKQ Nội khí quản : 
PDR : Pandrug resistance 
 Toàn kháng thuốc 
PFGE : Pulsed field gel electrophoresis 
 Điện di xung điện trường 
SBS : Sequencing by Synthesis 
 Sắp xếp theo tổng hợp 
SMRT : Single molecule real-time sequencing 
 Giải trình tự gen tức thời đơn phân tử 
SNVs : Single nucleotide variants 
 Nucleotide đơn lẻ khác biệt 
UMIC : Upper-middle-income country 
 Nước có thu nhập trung bình – cao 
VAE : Ventilator-Associated Events 
 Biến cố liên quan đến thở máy 
VPBV Viêm phổi bệnh viện : 
VPLQTM : Viêm phổi liên quan đến thở máy 
VRE : Vancomycin Resistant Enterococci 
 Enterococci kháng Vancomycin 
WGS : Whole Genome Sequencing 
 Giải trình tự gen toàn bộ 
XDR : Extensive drug resistance 
 Siêu kháng thuốc 
MỤC LỤC 
ĐẶT VẤN ĐỀ ............................................................................................... 1 
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN ........................................................................ 3 
1.1. Đại cương về viêm phổi liên quan thở máy .......................................... 3 
1.1.1. Khái niệm ......................................................................................... 3 
1.1.2. Tình hình viêm phổi liên quan thở máy trên thế giới......................... 4 
1.1.3. Tình hình viêm phổi liên quan thở máy tại Việt Nam ....................... 6 
1.2. Căn nguyên vi khuẩn gây viêm phổi liên quan thở máy ..................... 7 
1.2.1. Phân bố căn nguyên theo khu vực địa lý và mức thu nhập quốc gia.. 8 
1.2.2. Phân bố căn nguyên theo đặc điểm nhóm bệnh nhân ...................... 10 
1.2.3. Phân bố căn nguyên theo thời điểm mắc viêm phổi liên quan thở máy 
 ................................................................................................................. 11 
1.2.4. Căn nguyên viêm phổi liên quan thở máy tại Việt Nam .................. 12 
1.2.5. Đặc điểm kháng kháng sinh của một số vi khuẩn thường gặp gây 
viêm phổi liên quan thở máy .................................................................... 13 
1.3. Kết quả điều trị bệnh nhân viêm phổi liên quan thở máy ................. 18 
1.3.1. Thời gian nằm viện của bệnh nhân viêm phổi liên quan thở máy .... 18 
1.3.2. Điều trị kháng sinh ở bệnh nhân viêm phổi liên quan thở máy ........ 19 
1.3.3. Tình hình tử vong ở bệnh nhân viêm phổi liên quan thở máy ......... 21 
1.3.4. Yếu tố tiên lượng tử vong ở bệnh nhân viêm phổi liên quan thở 
máy .......................................................................................................... 22 
1.4. Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới trong nghiên cứu 
nguồn lây truyền của vi khuẩn trong bệnh viện ....................................... 23 
1.4.1. Đại cương về kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới ......................... 23 
1.4.2. Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới trong xác định đường 
lây truyền của vi khuẩn trong bệnh viện ................................................... 27 
1.5. Giới thiệu khái quát về địa điểm nghiên cứu ..................................... 32 
CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........ 34 
2.1. Đối tượng nghiên cứu .......................................................................... 34 
2.1.1. Tiêu chuẩn lựa chọn ....................................................................... 34 
2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ .......................................................................... 36 
2.2. Phương pháp nghiên cứu .................................................................... 37 
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu ........................................................................ 37 
2.2.2. Cỡ mẫu và cách chọn mẫu .............................................................. 37 
2.2.3. Qui trình nghiên cứu ....................................................................... 38 
2.3. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ...................................................... 42 
2.3.1. Thời gian nghiên cứu ...................................................................... 42 
2.3.2. Địa điểm nghiên cứu ....................................................................... 43 
2.4. Nội dung nghiên cứu ........................................................................... 43 
2.4.1. Mục tiêu 1 – Xác định căn nguyên và đặc tính kháng kháng sinh của 
các vi khuẩn gây viêm phổi liên quan thở máy tại khoa Hồi sức tích cực, 
bệnh viện Bệnh Nhiệt đới trung ương ....................................................... 43 
2.4.2. Mục tiêu 2 – Đánh giá kết quả điều trị BN viêm phổi liên quan thở 
máy tại khoa Hồi sức tích cực, bệnh viện Bệnh Nhiệt đới trung ương ...... 44 
2.4.3. Mục tiêu 3 – Xác định nguồn lây truyền của các vi khuẩn đa kháng 
thuốc gây viêm phổi liên quan thở máy bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế 
hệ mới ...................................................................................................... 45 
2.5. Các tiêu chuẩn, kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu .......................... 45 
2.5.1. Các khái niệm được sử dụng trong nghiên cứu ............................... 45 
2.5.2. Thang điểm Rankin sửa đổi (Modified Rankin Sacle, MRS) .......... 47 
2.5.3. Bảng điểm APACHE II .................................................................. 47 
2.5.4. Bảng điểm đánh giá nhanh tình trạng suy đa tạng (qSOFA) ........... 49 
2.5.5. Các chỉ số đánh giá biến ... 1r012017
105 ND115 Nguy6n Hung
Ph.
53 Nam 170921379GP t0lr0l20r7
106 ND116 L6 Thi M. 6s NT t7r00s474GP r0lr0l2017
r0l NID117 Vfr Vdn D. 52 Narn 171000937GP tzlI0l2ar7
108 NDr lri NguySn Duc E. l0 Nam r71004633GP t5lr0l2017
109 ND119 Nguy0n Vin T. 53 Nam 171005595GP 17lr0l20r7
110 ND120 Vfr Thdnh L. 39 Nam 171009753GP 17lr0l20l7
111 NDl21 Trucrnq Htu V. 51 Nam 171007614GP 18lt0l2017
t12 ND122 Vfr Thi L. 39 NT 17TOIO274GP 19lr0l20r7
113 ND123 Nguy6n Vdn B. 33 Nam 17t}t177gGP 221t012017
t14 I{D 125 Ng6 Vdn D. 2A Nam 171013385GP 241r0t2017
1r5 NID 126 Pham V[n D. 7l Nam 171011009GP 2T t012017
i16 ND127 Nguy6n XuAn V. 50 Nam 17 t0r3925GP 271r0120r7
tt7 ND128 Hodng Thi Th. 60 NT t71015311GP 3011012017
118 ND129 Nguy6n Thi L. 21 Nir 1 7101 6197 GP 3v1012017
It
I
119 hrD 130 Vfr'fhi L 39 Nti r 710l5210fiP 31lL{.d.lg}r7
120 ND132 Tr6n Quang Nh. 57 Nam l7l00000sGP 3Ul0l20r7
t2l ND133 Trfrn Nsoc'[h.v. 53 Nam 171100437GP 0Unl20r7
r22 NDI34 Ngo Van'l'h. 35 Nam ITTOI6I2IGP 0Ilrr/2017
r23 ND135 D6ne Minh D. 74 Nam r71015999GP 02lrU20r7
r24 ND136 Nguy6n Vdn N. 36 Nam 171016253GP 04lrll20r7
t25 ND137 Vucrns Vdn T. 57 Nam I7110r81OGP 05ltU20l7
l2(t NDI38 NgO t'hi Ng. t9 Nir r71r02372GP 06lru20r7
127 ]dD 13q Vfr Xu0n'fh. 70 Nam t7rr02394GP 07lrll20r7
t28 NDl40 Dio Vdn Nh. 59 Nam 171102356GP 07lrv20r7
t29 NDI4I TrAn T'hi Cn. 59 NT 17rt0275IGP 07lru20r7
r30 NDI42 Mai Van N. 46 Nam 171 1016 lzGP 08lrv20r7
13r ND143 Ph4m Nggc M!
L,
ZJ NT 171103335GP 08lrU2017
t32 ND144 'fr0n Nggc A. 70 Nff 17 IL03252GP 08lrIl20r7
r33 ND 145 'I'r0n Kh[c L. 54 Narn 17100598OGP r0lrU20r7
134 ND146 Vfi Ti6n Th. 49 Nant t7l104394GP IUrU2017
135 NDI47 Luong Viet C. 38 Nam 17tt027s7GP r0ltU20r7
t36 NDI49 Trinh Thi V. 72 Nf, I7rr03776GP r2ltu20r7
r37 NDI50 D6ng Thi Thanh
Th
25 Nir 171 105 164GP t3lrU20r7
138 ND152 Nguy6n Thi T. 76 NT 17rr04449GP t6lIU20r7
t39 ND 153 l,uu Vdn V. 87 Nam 171106690GP r6lrU20l7
140 ND154 Pham Van M. 53 Nam 171 106567GP 17ltv20l7
t4r ND155 Bui Van H. 49 Nam 17 tr062r3cP 17lrU2017
r42 ND156 Phan Van M. 63 Nam T7IIO7466GP 17lrrl20r7
!l
it'
*r43
NDI57 Nguydn Vdn K. )l Nam r711066s8GP 16lrU20t7
t44 NDl58 Ddo Dinh FL 46 Nam 171]-07 464GP I7ln12017
145 ND159 Chu Vdn E. 25 Nam 17tI07748GP 19lrU20I7
t46 ND161 Bui Vdn Ng. 28 Nam 17110563OGP r4llIl20r7
147 ND 162 Bui Vdn Th. 65 Nam 170906829GP 2IITII2OIT
148 ND 163 TrAn Thi M. 86 Nu t7tt06229GP 15llll2017
t49 NDI64 Nguy6n Thi T. 76 Nfi 171108631GP 2U rv20r7
150 NDl66 Nguy6n Kh. 54 Narn r 71108709GP 22lrll20r7
151 NDI67 Nguy6n Drlc Gi. 40 Nam 171108343GP 24lr|2011
t52 ND 168 Dinh Nggo L. 32 Nfr 171r09675GP 24lrll2017
153 ND169 Trinh Thi V. 76 Nf, t7trr0231GP 26lrll2017
154 NDl70 L€ Trung Qu. 67 Nam r7r109672GP 27lrr/20r7
r55 ND171 Nguy0n Quy H. 84 NT 171109648GP 28llll20r7
156 NDI72 Vfi Xudn Th. 10 Nam 171110814GP 29lrv20l7
1,57 NDT73 Trfln Thi Ph. 39 Nfr L7 trll289GP 291r112017
r5B ND174 Phung't'hl HOng
Ph.
52 Nfi r71109940GP 031r2120r7
159 ND175 Vucrng Dinh H. 23 Nam 17 1200372GP 0Ut2l20rl
160 ND 176 Nguy6n Thi B. 53 NT r7r20049rGP 031r2120r7
161 ND177 Ddm Khdc T. Nam 171200565GP 041r2120r7
r62 ND178 Phpm V[n D. 38 Nam t7rrl0042GP 0v1212017
163 NID 179 Dodn Thi Th. 85 Nft 17 tr04721KC a5ll2l20r7
r64 NDl80 Nguy6n S6ch 1,. 45 Nam t7 na1804GP 06ltzl2at7
165 NDl81 Nguy6n V6n S. 50 Nam t7r202968GP 071t212017
t66 ND182 Trdn Vdn Ch. 55 Nam t71203007GP 08112/2017
t6l ND I83 TlAn Van S. 6T Nam n 1203148GP tU12l20r7
=
re
U
=
168 NDI84 'frinh XuAn V. 69 Nam
_ _ a_:_a-- -t-.:---- -i,- l
t7120357\G:P
-'lztTitlni
r69 ND185 Dodn 86 K. 80 Nam 171203655GP r211212017
t70 ND186 L0 Nguy6n H. 75 Nam 171203048GP r2ll2l2017
t71 ND187 TrAn Nggc T. 45 Nam 17120435OGP 13lr2l20rl
1;;Ltal NDI88 rfr"Qi,6ili 55 Narn 171204071GP t3lr2l7t0l7
t73 ND 189 Bui Van Th. 34 Nam 1,7 r2$q7 6GP r4lr2l20rl
174 NDl90 o6 Van S. 39 Nam 171205093GP t5ll2l20r7
t75 NDl9I Nguy0n Nggc L. 78 Nam r71204690GP r7ll2l20r7
176 ND I92 Hd Quang V. 44 Nam Itt205187GP t8lr2l2017
t77 ND 193 Vi Vdn L. 34 Nam t7l20s128GP r8lr2l2017
t78 ND194 Phpm Nggc D. 61 Nam I tl tzoso54cP r8lr2l20rl
t79 htDi95
Nguy6n Xufln
Kh, 6t Nanr r71207756GP 27lt2l20rT
180 NID 197 Nguy6n Thi Ch. 64 Nf,, 171205554GP 2vr2l2017
181 NDIgB I Pham Dinh O' 60 Nam 17 r205669GP 221121201,7
r82 NDI99 S6i Vin H. 56 Nam t71207212GP 221r212017
183 ND2OO Ld Quang Th. 65 Nam 17120684OGP 2slr2l20r7
184 ND2O I Luu V[n L. 47 Nam r71207115GP 251t2120r7
185 ND2O2 L0 Quang T. 60 Nam 17120737sGP 2slr2l20r7
186 NI)203 Vfr Van Ch. 6l Nam 17r2A7784GP 27lI?t2017
187 ND2O4 Nguy0n Thi M. 64 NT r71209037GP 301r212017
188 ND2O5 NguySn Thuy S. 76 Nam r71208288GP 291r212017
i89 ND206 Nghi€m Thi Kim
O.
59 NT 171207836GP 301r212017
190 ND207 Nguy6n Hai FI. 43 Nam 17 t207311GP 021U20r8
191 ND2O8 Nguy€n ThiN, 67 NiI r71207838GP 031112018
ic
I
J1
192 NDz()9 69 1 80 1 00433GP 051U2018
193 ND2I O Nguy6n Quang
H.
48 Nam 180100s34GP 041U20t8
194 ND21 1 Vfi Xudn C. 52 Nam 180101870GP 08/1/2018
195 ND212 Nguy6n Ngq.
Th,
64 Nam r80102788GP 091U20r8
r96 ND213 Nguy6n anh U. 50 Nam I 80100725GP
cA$" B0 Huclric uAu
h,*+#
GS,TS. Nguy6n V[n Kinh
NGHINN CITU SINH
TrAn Thi HAt Ninh
X6c nh$n cria don vi ncri thu tuy6n bQnh nh6n
,{ TRUoNG PHoNG KE HoACr{ r6nc HgP
BE,NH VIDN BPNH NHIPT DOI TRUNG IIONG
' SENH vtFtt '
eENlFt t'lt-ilEr oor
n$Jffl#^h'g/*tfii,l
101. Dương Bửu Lộc, Hoàng Văn Quang, Trịnh Thị Bích Hà (2018). Các yếu 
tố tiên lượng tử vong viêm phổi thở máy do Acinetobacter baumanii ở 
người cao tuổi. Tạp chí nghiên cứu y học, Phụ bản tập 22 - Số 1. 
102. Wu D, Wu C, Zhang S et al (2019). Risk factors of ventilator-associated 
pneumonia in critically III patients. Frontiers in pharmacology, 10, 482. 
103. Berzina G, Sveen U, Paanalahti M et al (2016). Analyzing the modified 
Rankin scale using concepts of the international classification of 
functioning, disability and health. European journal of physical and 
rehabilitation medicine, 52(2), 203-13. 
104. Schreiber M.P, Shorr A.F (2017). Challenges and opportunities in the 
treatment of ventilator-associated pneumonia. Expert review of anti-
infective therapy, 15(1), 23-32. 
105. Martin-Loeches I, Rodriguez A.H, Torres A (2018). New guidelines for 
hospital-acquired pneumonia/ventilator-associated pneumonia: USA vs. 
Europe. Current opinion in critical care, 24(5), 347-352. 
106. Arthur L.E, Kizor R.S, Selim A.G et al (2016). Antibiotics for ventilator‐
associated pneumonia. Cochrane Database of Systematic Reviews, 10. 
107. Wang G, Ji X, Xu Y et al (2016). Lung ultrasound: a promising tool to 
monitor ventilator-associated pneumonia in critically ill patients. 
Critical Care, 20(1), 1-10. 
108. But A, Yetkin M.A, Kanyilmaz D et al (2017). Analysis of epidemiology 
and risk factors for mortality in ventilator-associated pneumonia attacks 
in intensive care unit patients. Turkish journal of medical sciences, 
47(3), 812-816. 
109. D’Souza A.W, Potter R.F, Wallace M et al (2019). Spatiotemporal 
dynamics of multidrug resistant bacteria on intensive care unit surfaces. 
Nature communications, 10(1), 1-19. 
103 
khỏi khoa HSTC ở mức 3 đến 5 điểm tức là có giảm khả năng lao động từ mức 
nhẹ (3 điểm) đến mức vừa và nặng (5 điểm). Điều này phù hợp với thực tế tại 
các khoa HSTC là sau khi BN thoát khỏi tình trạng nguy kịch sẽ được chuyển 
đến các khoa khác hoặc BV tuyến dưới tiếp tục chăm sóc đến khi hồi phục hoàn 
toàn mới xuất viện. 
4.2.3. Các thuốc, thủ thuật thực hiện trên bệnh nhân 
a) Các can thiệp, thủ thuật thực hiện trên bệnh nhân 
Toàn bộ BN trong nghiên cứu được thực hiện tối thiểu 3 can thiệp là thở 
máy xâm nhập, đặt sonde dạ dày và đặt sonde tiểu. 91,49% BN được đặt 
cathether tĩnh mạch trung tâm. Đây đều là những can thiệp hầu như bắt buộc 
thực hiện trên những BN thở máy tại các khoa HSTC. Báo cáo của tác giả Lê 
Thị Kim Nhung tại BV Thống Nhất cũng cho thấy 2 thủ thuật gặp nhiều nhất 
tại khoa HSTC là đặt sonde dạ dày, thở máy xâm nhập và có 25,74% BN có từ 
4 can thiệp trở lên 21. Nhiều nghiên cứu đã chỉ ra các can thiệp, thủ thuật thực 
hiện trên BN là yếu tố nguy cơ dẫn đến VPLQTM. Tác giả Timsit J.F liệt kê 
một loạt các yếu tố nguy cơ gây VPLQTM bao gồm: đặt sonde dạ dày, mở khí 
quản, thời gian thở máy kéo dài, đặt lại ống NKQ, tư thế nằm đầu bằng trong 
quá trình thở máy, 1. Việc hạn chế tối đa thực hiện các can thiệp, thủ thuật 
và đảm bảo vô trùng tuyệt đối khi thực hiện có thể giúp làm giảm nguy cơ mắc 
VPLQTM. 
b) Thời gian duy trì các can thiệp, thủ thuật trên bệnh nhân 
Thời gian duy trì các can thiệp, thủ thuật trên BN tương đối dài, trung 
bình trên 20 ngày với nhiều can thiệp như 29,7 ± 20,2 ngày với thở máy xâm 
nhập, 25,9 ± 21,2 ngày với đặt catheter tĩnh mạch trung tâm và 24,5 ± 14,9 ngày 
với mở khí quản. Báo cáo về tình hình VPLQTM tại BV Thống Nhất năm 2018 
ghi nhận, thời gian BN thở máy là 18,6 ± 13,4 ngày 34. Báo cáo tại khoa HSTC 
BV Bạch Mai năm 2018 cho thấy, thời gian BN thở máy là 10,79 ± 5,70 ngày 
23 
điểm APACHE II > 21 (p=0.016), điểm SOFA > 6 (p<0.001) tại thời điểm nhập 
viện là yếu tố tiên lượng tử vong và SOFA > 6 (p<0.001; OR (95%CI): 1,4 
(1,2–1,6) tại thời điểm chẩn đoán VPLQTM là yếu tố độc lập tiên lượng tử 
vong ở BN VPLQTM 49. Bên cạnh các thang điểm thường được dùng để đánh 
giá BN nặng tại khoa HSTC, một số chỉ số xét nghiệm cũng được coi là yếu tố 
có giá trị tiên lượng tử vong ở BN VPLQTM. Theo báo cáo của tác giả 
Tanrıverdi Hakan, nồng độ procalcitonin không khác biệt ở nhóm sống và 
nhóm tử vong tại ngày được chẩn đoán VPLQTM. Tuy nhiên, nồng độ 
procalcitonin cao hơn có ý nghĩa ở ngày 3 và ngày 7 ở nhóm tử vong so với 
nhóm sống và procalcitonin > 1 ng/mL ở ngày 3 là yếu tố độc lập có giá trị tiên 
lượng tử vong (odds ratio = 22.6) 50. Ngoài ra, nhiều chỉ số khác cũng được các 
nhà nghiên cứu đánh giá về khả năng tiên lượng tử vong ở VPLQTM nhưng 
các kết quả chưa thống nhất. Đánh giá 120 ca bệnh VPLQTM tại một BV tuyến 
cuối ở Brazil, tác giả Souza-Oliveira nhận định, việc nhiễm các vi khuẩn đa 
kháng thuốc và liệu pháp xuống thang khi điều trị kháng sinh không ảnh hưởng 
đến tỷ lệ tử vong nhưng dùng liều tải kháng sinh không đúng và không điều 
chỉnh liều kháng sinh theo chức năng thận lại là những yếu tố nguy cơ gây tử 
vong 51. Nghiên cứu trên 337 BN VPLQTM tại Thái Lan chỉ ra, việc nhiễm vi 
khuẩn đa kháng thuốc, SOFA > 5, SAPS II >45, có sốc nhiễm khuẩn và sử dụng 
kháng sinh ban đầu không đúng là những yếu tố tiên lượng tử vong 49. 
1.4. Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới trong nghiên cứu nguồn 
lây truyền của vi khuẩn trong bệnh viện 
1.4.1. Đại cương về kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới 
a) Khái niệm 
Giải trình tự gen (giải trình tự DNA) là quá trình xác định trình tự các 
bazơ nucleotide (As, Ts, Cs và Gs) trong một đoạn phân tử DNA. Việc giải 
trình tự toàn bộ hệ gen nhất là của các sinh vật có số lượng DNA lớn là cực kỳ