Luận án Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu trình tự gen để nhận diện nhanh và xác định mức độ đa dạng của nhóm lan Dendrobium khu vực phía Nam

1. Tính cấp thiết của đề tài

Phong lan là thực vật có hoa đẹp, màu sắc đa dạng, phong phú, thu hút sự quan

tâm yêu thích của nhiều đối tượng, đặc biệt là các nhà khoa học. Với khí hậu nhiệt

đới và địa hình đa dạng khác nhau, ngày càng nhiều loài lan mới được phát hiện và

bổ sung vào danh sách các loài lan phân bố ở Việt Nam. Tại Việt Nam, phong lan là

một họ phong phú và đặc sắc của hệ thực vật, có giá trị tài nguyên về nhiều mặt đối

với nền kinh tế, đời sống con người.

Nhiều loài lan rừng Việt Nam, trong đó có các loài thuộc chi lan Dendrobium

cho hoa đẹp, kết hợp nhiều màu sắc phong phú, hài hòa; một số loài có hương thơm,

lâu tàn, nở kéo dài từ 1 – 2 tháng [1;12;14]. Lan Dendrobium còn là chi lớn thứ hai

trong họ Phong lan, chỉ sau chi Bulbophyllum và là chi có số lượng loài lớn nhất thuộc

họ này trong hệ thực vật Việt Nam [1;75]. Lan Dendrobium không chỉ là một trong

những nhóm hoa lan được yêu thích, tiêu thụ nhiều, phục vụ nhu cầu thị trường chơi

lan chậu, lan cắt cành mà còn có lịch sử được sử dụng làm thảo dược trong khoảng

2000 năm nay ở các nước Đông – Nam châu Á [30]. Môi trường sống tự nhiên của

các loài Dendrobium bản địa ở Việt Nam ngày càng bị suy giảm do biến đổi khí hậu

và sự khai thác quá mức của con người, điều này có thể dẫn đến nguy cơ làm mất

nguồn gen lan rừng nói chung cũng như lan Dendrobium nói riêng. Bên cạnh đó, việc

du nhập và lai tạo ngày càng nhiều giống lan Dendrobium mới cũng làm cho nhiều

giống bản địa dần bị lãng quên. Vì vậy, việc định danh và đánh giá đa dạng di truyền

cho các loài Dendrobium ở Việt Nam hiện rất quan trọng để kịp thời bảo tồn nhóm

lan quí này.

Từ thực tế đó, rất nhiều công trình nghiên cứu được tiến hành nhằm bảo tồn

đa dạng các loài lan, trong đó có Bộ sưu tập hoa lan của Trung tâm Công nghệ Sinh

học Tp. HCM [26]. Tính đến cuối năm 2019, Bộ sưu tập này đã có gần 400 mẫu giống

lan các loại, trong đó có 190 mẫu giống thuộc chi lan Dendrobium, các mẫu này đã

được định danh, phân loại trên cơ sở dựa vào hình thái của từng mẫu giống.2

Thực vật nói chung muốn định danh hình thái cần phải có mẫu vật với đầy đủ

các yếu tố thành phần như thân, rễ, lá, hoa Hiện nay, quá trình nhận diện các giống

lan vẫn dựa trên hình thái bên ngoài, đặc biệt cần các mẫu có hoa để cho kết quả định

danh tối ưu nhất. Họ Lan là một họ thực vật được đánh giá là rất khó để nhận diện,

định danh, đặc biệt là thời kỳ chúng chưa ra hoa [27]. Nhiều loài chỉ khác với loài lân

cận ở một điểm hình thái rất nhỏ và tinh tế. Nhiều loài thuộc chi Dendrobium có hình

thái ngoài khá giống nhau khi chưa có hoa, do vậy rất khó để nhận diện chúng bằng

phương pháp hình thái thông thường. Trước đây, quá trình chủ động lai tạo ra các

giống lan mới vẫn mang tính kinh nghiệm và cảm tính mà chưa dựa trên nền tảng di

truyền nên có thể tạo ra các đặc tính giống không mong muốn hoặc các biến dị, điều

đó dẫn đến việc phân loại chúng ở mức chi và loài cực kỳ khó khăn.

Mặt khác, lan chỉ có giá trị khi có hoa nên trong một số trường hợp, người ta

có thể bắt gặp loài quí nhưng lại bỏ qua do hình thái của nó khó phân biệt so với các

loài thông dụng khác. Một số loài đặc hữu đang có nguy cơ bị tuyệt chủng bị cấm

khai thác, xuất khẩu như D. nobile, D. amabile, D. hancockii [1;19] nhưng do việc

kiểm tra, thẩm định tại các cửa khẩu không phải do các chuyên gia thực hiện nên

chuyện cây con, cây trưởng thành chưa có hoa bị khai thác trái phép là điều khó tránh

khỏi.

Trong quá trình sưu tập, định danh, lai tạo và nhân các giống lan của Trung

tâm Công nghệ Sinh học Tp. HCM cũng gặp các vấn đề như mẫu thu được chưa có

hoa, nhiều mẫu giống này không ra hoa trong điều kiện sống ở Tp. HCM, có thể bỏ

sót các mẫu giống quý trong quá trình thu thập, việc nhân nuôi số lượng lớn các giống

quý có thể bị nhầm lẫn, việc lai tạo ngẫu nhiên và khó kiểm chứng nền tảng di truyền

của các tổ hợp lai.

pdf 195 trang chauphong 16/08/2022 500
Bạn đang xem 20 trang mẫu của tài liệu "Luận án Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu trình tự gen để nhận diện nhanh và xác định mức độ đa dạng của nhóm lan Dendrobium khu vực phía Nam", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên

Tóm tắt nội dung tài liệu: Luận án Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu trình tự gen để nhận diện nhanh và xác định mức độ đa dạng của nhóm lan Dendrobium khu vực phía Nam

Luận án Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu trình tự gen để nhận diện nhanh và xác định mức độ đa dạng của nhóm lan Dendrobium khu vực phía Nam
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
---------------------- 
BỘ 
NÔNG 
NGHIỆP 
VÀ 
PTNT 
NGUYỄN NHƯ HOA 
NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TRÌNH TỰ GEN 
ĐỂ NHẬN DIỆN NHANH VÀ XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ ĐA DẠNG 
 CỦA NHÓM LAN DENDROBIUM KHU VỰC PHÍA NAM 
 Chuyên ngành: Công nghệ sinh học 
 Mã số: 9 42 02 01 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
Người hướng dẫn khoa học: 
1. PGS. TS Dương Hoa Xô 
2. TS. Trần Kim Định 
Tp. Hồ Chí Minh – Năm 2021 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
---------------------- 
NGUYỄN NHƯ HOA 
NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TRÌNH TỰ GEN 
ĐỂ NHẬN DIỆN NHANH VÀ XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ ĐA DẠNG CỦA 
NHÓM LAN DENDROBIUM KHU VỰC PHÍA NAM 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
Tp. Hồ Chí Minh – Năm 2021 
i 
LỜI CAM ĐOAN 
 Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi dưới sự hướng dẫn 
của PGS. TS. Dương Hoa Xô và TS. Trần Kim Định. Các số liệu kết quả được 
trình bày trong luận án là trung thực và chưa được công bố trong công trình nào 
của người khác. Các kết quả cũng đã được những người tham gia thực hiện đồng 
ý cho phép tôi sử dụng trong luận án. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm về 
những số liệu kết quả trong luận án này. 
 Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 20 tháng 2 năm 2020 
 Nghiên cứu sinh 
 Nguyễn Như Hoa 
ii 
LỜI CẢM ƠN 
 Để hoàn thành quá trình học tập và nghiên cứu của mình, tôi đã nhận được 
nhiều sự giúp đỡ từ gia đình, thầy cô, đồng nghiệp, bạn bè và sự ủng hộ, tạo điều 
kiện của các cơ quan và tổ chức. 
Trước tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS. TS. Dương Hoa Xô 
- Giám đốc Trung tâm Công nghệ Sinh học Thành phố Hồ Chí Minh - thầy hướng 
dẫn chính luận án, đã truyền đạt ý tưởng, định hướng nghiên cứu, cũng như kiến 
thức và kinh nghiệm cho tôi trong suốt quá trình thực hiện luận án. 
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn đến TS. Trần Kim Định - Viện Khoa học Kỹ 
thuật Nông nghiệp miền Nam - thầy hướng dẫn phụ, đã hướng dẫn, truyền đạt 
kiến thức và đóng góp nhiều ý kiến quý báu trong suốt quá trình thực hiện luận 
án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn PGS. TS. Trần Hoàng Dũng đã giúp tôi tiếp cận 
với hướng nghiên cứu này, luôn góp ý, giúp đỡ, động viên, khích lệ tôi trong suốt 
quá trình thực hiện luận án. 
Tôi xin cảm ơn TS. Huỳnh Hữu Đức đã luôn theo sát, động viên và đưa ra 
nhiều góp ý trong suốt quá trình thực hiện luận án. 
Tôi xin trân trọng gởi lời cảm ơn đến: 
- Ban Giám hiệu trường Đại học Sư phạm thành phố Hồ Chí Minh, Ban chủ 
nhiệm khoa Sinh học trường Đại học Sư phạm thành phố Hồ Chí Minh và các 
đồng nghiệp, sinh viên đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong quá trình học tập, 
nghiên cứu, cũng như công tác tại trường. 
- Trung tâm Công nghệ sinh học thành phố Hồ Chí Minh, phòng Thực 
nghiệm cây trồng, phòng Công nghệ sinh học thực vật, TS. Hà Thị Loan, KS. 
Nguyễn Trường Giang đã hỗ trợ về mẫu vật, trang thiết bị, hoá chất... trong quá 
trình nghiên cứu của tôi tại Trung tâm. 
- Ban lãnh đạo Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Viện Khoa học Kỹ 
thuật Nông nghiệp Miền Nam đã hết sức giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi cho 
tôi trong quá trình học tập. 
- Các cán bộ ở Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam đã hướng 
dẫn, góp ý, bổ sung kiến thức cũng như tạo điều kiện thuận lợi để tôi hoàn thành 
các thủ tục, hồ sơ trong quá trình đào tạo. 
iii 
- GS. TS. Bùi Chí Bửu và tất cả quý thầy cô (giảng dạy và tham gia Hội 
đồng báo cáo tiến độ, Hội đồng đánh giá nghiên cứu sinh) đã truyền đạt kiến thức, 
đóng góp nhiều ý kiến quý báu và tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập và 
nghiên cứu. 
- TS. Trần Duy Dương (Viện Di truyền nông nghiệp), Th.S Vũ Thị Huyền 
Trang, Th.S Nguyễn Thành Công, CN Nguyễn Thanh Điềm, CN. Lê Ngọc Điệp 
(khoa Công nghệ sinh học Trường đại học Nguyễn Tất Thành) đã hỗ trợ tôi rất 
nhiều để hoàn thành luận án này. 
- Quý thầy cô giáo đã giảng dạy và truyền đạt kiến thức cho tôi qua các giai 
đoạn học tập, các anh chị em đồng nghiệp và bạn bè thân hữu đã cùng cộng tác 
và hỗ trợ tôi trong suốt quá trình học tập, làm việc và nghiên cứu. 
- Các nghệ nhân và nhà vườn trồng lan đã giúp đỡ tạo điều kiện tối đa cho 
tôi trong quá trình thu mẫu. 
Cuối cùng, xin gởi lời tri ân sâu sắc và những tình cảm ấm áp nhất đến Bố, 
Mẹ và tất cả những người thân yêu trong gia đình đã hết lòng động viên, giúp đỡ 
và tạo mọi điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt quá trình trưởng thành, học tập 
và nghiên cứu. 
iv 
MỤC LỤC 
 Trang 
LỜI CAM ĐOAN ................................................................................................ i 
LỜI CẢM ƠN ..................................................................................................... ii 
MỤC LỤC .......................................................................................................... iv 
DANH MỤC HÌNH .......................................................................................... vii 
DANH MỤC BẢNG ........................................................................................... x 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ........................................................................ xi 
MỞ ĐẦU ............................................................................................................. 1 
1. Tính cấp thiết của đề tài ............................................................................. 1 
2. Mục tiêu nghiên cứu ................................................................................... 4 
2.1 Mục tiêu chung ..................................................................................... 4 
2.2 Mục tiêu cụ thể ..................................................................................... 4 
3.. Ý nghĩa khoa học và ý nghĩa thực tiễn ...................................................... 4 
3.1 Ý nghĩa khoa học ................................................................................. 4 
3.2 Ý nghĩa thực tiễn .................................................................................. 4 
4. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu .............................................................. 4 
4.1 Đối tượng nghiên cứu .......................................................................... 4 
4.2 Phạm vi nghiên cứu .............................................................................. 5 
5. Những đóng góp mới của đề tài ................................................................. 5 
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ 
TÀI ....................................................................................................................... 6 
1.1 Giới thiệu về họ Phong lan ....................................................................... 6 
1.2 Giới thiệu về lan Dendrobium .................................................................. 7 
1.2.1 Vị trí phân loại .................................................................................. 7 
1.2.2 Sự phân bố ......................................................................................... 8 
v 
1.2.3 Sự đa dạng và phong phú của lan Dendrobium ................................ 9 
1.2.4 Đặc điểm hình thái lan Dendrobium ............................................... 13 
1.3 Thực trạng bảo tồn, nhận diện các giống loài lan Dendrobium ở Việt Nam 
và trên thế giới .............................................................................................. 16 
1.4 Một số nghiên cứu đa dạng di truyền ở chi lan Dendrobium................. 20 
1.4.1 Các chỉ thị được sử dụng để phân tích đa dạng di truyền ở chi lan 
Dendrobium .............................................................................................. 20 
1.4.2 Các nghiên cứu đa dạng di truyền ở chi lan Dendrobium............... 22 
1.5 Mã vạch DNA và ứng dụng trong nhận diện loài .................................. 27 
1.5.1 Các vùng trình tự được sử dụng để xây dựng mã vạch DNA ......... 27 
1.5.2 Các công trình xây dựng mã vạch DNA cho họ Lan và chi 
Dendrobium .............................................................................................. 32 
CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
 ............................................................................................................................ 44 
2.1 Vật liệu ................................................................................................... 44 
2.2 Nội dung nghiên cứu .............................................................................. 50 
2.3 Thời gian, địa điểm nghiên cứu ............................................................. 51 
2.4 Hoá chất – thiết bị .................................................................................. 52 
2.4.1 Hoá chất .......................................................................................... 52 
2.4.2 Thiết bị ............................................................................................ 52 
2.5 Phương pháp nghiên cứu ........................................................................ 52 
2.5.1 Hệ thống hóa mẫu vật dựa trên đặc điểm hình thái ........................ 52 
2.5.2 Xác định trình tự của 5 vùng DNA marker ..................................... 54 
2.5.3 Phân tích mức độ đa dạng di truyền của nhóm lan Dendrobium 
bằng trình tự DNA marker ....................................................................... 62 
2.5.4 Phân tích khả năng phân định loài của các vùng trình tự ............... 64 
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ....................... 66 
vi 
3.1 Mô tả và xây dựng cây phân nhóm dựa trên đặc điểm hình thái các giống 
lan Dendrobium ............................................................................................ 66 
3.1.1 Mô tả đặc điểm hình thái sơ bộ các giống lan Dendrobium ........... 66 
3.1.2 Phân nhóm dựa vào đặc điểm hình thái của 40 mẫu lan 
Dendrobium .............................................................................................. 69 
3.2 Xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch DNA cho 25 loài Dendrobium trong 
nghiên cứu .................................................................................................... 72 
3.3 Kết quả khảo sát các marker tiềm năng trong việc xác định các loài lan 
Dendrobium khu vực phía Nam ................................................................. 103 
3.4 Ứng dụng hệ thống DNA để khảo sát khả năng truy nguyên nguồn gốc bố, 
mẹ của các tổ hợp lan lai ............................................................................ 108 
3.4.1 Phân tích khả năng truy nguyên nguồn gốc bố, mẹ dựa trên trình 
tự vùng ITS............................................................................................. 108 
3.4.2 Phân tích khả năng truy nguyên nguồn gốc bố, mẹ dựa trên trình 
tự vùng matK .......................................................................................... 110 
3.4.3 Phân tích khả năn ... 388570.1 MT019385 KY966807.1 MT019346 KJ944591.1 MT019457 
3DT MT004840 KP743544.1 MT019386 AB972311.1 
Not 
available 
 MT019456 
15DT MT004841 MK522219.1 MT019387 MG490279.1 
Not 
available 
 MT019474 
15TT MT004842 KJ944630.1 Not available MT019345 MT019472 
15PN MT004843 AB593499.1 MT019388 
Not 
available 
 MT019473 
27TT MT004844 MT019389 MT019344 MT019489 
27DT MT004845 MT019390 
Not 
available 
 MT019490 
6TT MT004846 MT019391 MT019347 MT019459 
6DT MT004847 MT019392 MT019460 
D.aphyllum 
6PN MT004848 KJ210415.1 MT019393 AB847736.1 
Not 
available 
 MT019461 
 KJ210414.1 GU565188.1 
 KJ210413.1 KF143640.1 
 KF143430.1 
 HM054561.1 
D.capillipes 28DT MT004849 KY966519.1 MT019395 KF143643.1 
Not 
available 
FJ216545.1 MT019493 MF437027.1 
PL-38 
28PN MT004850 AF362035.1 MT019396 MG490258.1 
Not 
available 
KF177576.1 MT019492 
 KF143433.1 MG490256.1 
 HQ114224.1 MF409028.1 
 MK522242.1 
 AB593515.1 
D.chrysotoxum 
13PN MT004851 HQ114223.1 MT019398 KF143654.1 
Not 
available 
FJ216582.1 
Not 
available 
MF437024.1 
13TT MT004852 HQ114222.1 MT019397 FJ794062.1 MT019349 FJ216544.1 MT019468 MF437025.1 
13DT2 MT004853 HQ114221.1 MT019399 MG490221.1 
Not 
available 
FJ216576.1 MT019469 
 HM590383.1 MG490220.1 HM055094.1 
 MK522232.1 KY966816.1 JF713157.1 
 MK483291.1 KT778725.1 
 MK483283.1 HM055093.1 
 MK483272.1 
 MK483266.1 
 KX440955.1 
 KX440953.1 
 AB593533.1 
D.cretaceum 
37TT MT004854 KJ944626.1 MT019400 KF957845.1 MT019359 KJ944587.1 MT019512 
37DT MT004855 KY966528.1 MT019401 KY966818.1 
Not 
available 
 MT019510 
37PN MT004856 MT019402 
Not 
available 
 MT019511 
D. crumenatum 
34TT MT004864 AY239963.1 MT019403 AB847734.1 MT019350 JF713166.1 MT019500 
34PN MT004865 AY273708.1 MT019404 AB972308.1 JF713165.1 MT019501 
 JN388587.1 JF713164.1 
PL-39 
 HM590370.1 
 MK522246.1 
 AB972336.1 
 MH763846.1 
 AB593537.1 
D.primulinum 
12TT MT004857 HM054747.1 MT019427 AB847845.1 MT019368 KF177640.1 MT019466 
12DT MT004858 HQ114242.1 MT019428 GU565190.1 
Not 
available 
FJ216563.1 
Not 
available 
12PN MT004859 MK522184.1 MT019429 KF143708.1 
Not 
available 
JF713206.1 MT019467 
28TT MT004860 KP265001.1 MT019394 FJ794064.1 MT019348 JF713205.1 MT019491 
 MK483269.1 KF957844.1 JF713204.1 
 KT778755.1 AF445450.1 HM055143.1 
 KJ944625.1 MK603116.1 HM055142.1 
 AB593641.1 MG490265.1 HM055141.1 
 MG490264.1 HM055140.1 
 MG490242.1 HM055139.1 
 KT778724.1 
 KJ944586.1 
D.devonianum 
20TT MT004861 KJ210443.1 MT019411 AB847744.1 MT019377 KJ187367.1 MT019477 
20DT MT004862 KJ210441.1 MT019412 MG490252.1 
Not 
available 
FJ216566.1 MT019478 
20DT2 MT004863 KF143453.1 MT019413 
Not 
available 
KJ187368.1 
Not 
available 
 KP743545.1 JF713174.1 
 KC205194.1 JF713173.1 
 HQ114244.1 JF713172.1 
 KT778760.1 KJ944584.1 
PL-40 
 AB593548.1 
D.fimbriatum 
22DT MT004869 JN388588.1 MT019418 AB519776.1 
Not 
available 
AB519784.1 MT019484 KT792701.1 
22TT MT004870 KF143461.1 MT019417 AB847758.1 MT019356 KF177603.1 MT019482 
22DT2 MT004871 HM054637.1 MT019419 GU565189.1 
Not 
available 
FJ216550.1 MT019483 
 HM054636.1 KF143671.1 JF713178.1 
 HM054632.1 AF448863.1 JF713177.1 
 HQ114229.1 MK616656.1 HM055105.1 
 HM590392.1 MG490240.1 HM055104.1 
 MK522230.1 HM055103.1 
 MK483290.1 HM055102.1 
 MK483275.1 HM055101.1 
 MK483271.1 KT778732.1 
D.hercoglossum 
33TT MT004874 KJ210457.1 MT019423 AB847777.1 MT019362 KJ187382.1 MT019499 
21TT MT004909 KF143472.1 MT019420 KF143682.1 MT019366 MT019479 
21PN MT004910 KF143471.1 MT019422 KF143681.1 
Not 
available 
 MT019480 
21DT MT004911 KC205188.1 MT019421 KP159292.1 
Not 
available 
 MT019481 
 HM590381.1 AB972305.1 
 MK522187.1 MG490274.1 
 KP265004.1 
 AB593580.1 
D.intricatum 
36TT MT004872 AB593586.1 MT019446 MT019360 MT019504 
36DT MT004873 MT019447 
Not 
available 
 Not 
available 
D.nobile 30TT MT004875 JN388579.1 MT019424 AB847821.1 MT019363 EF590519.1 MT019495 KT792690.1 
PL-41 
30DT MT004876 MH120176.1 MT019425 KP159296.1 
Not 
available 
AB519785.1 MT019497 
30PN MT004877 MH120175.1 MT019426 KY966854.1 
Not 
available 
KF177635.1 MT019496 
 MH120174.1 KF177634.1 
 MH120173.1 MK159250.1 
 MH120172.1 MK159249.1 
 MH120171.1 FJ216583.1 
 HM054717.1 FJ216577.1 
 MK522225.1 FJ216570.1 
 HM590382.1 GQ248590.1 
 HM055130.1 
 HM055129.1 
 HM055128.1 
 HM055127.1 
 KT778720.1 
D.amabile 
1DT MT004878 MK522209.1 MT019382 AB847690.1 MT019376 MT019451 MF437029.1 
1DT2 MT004879 AB593495.1 MT019384 MT019375 
Not 
available 
1PN MT004880 MT019383 
Not 
available 
 MT019452 
D.farmeri 
14DT MT004881 KX600516.1 MT019414 AB847757.1 
Not 
available 
HM055100.1 MT019471 MF437022.1 
14PN MT004882 KJ672671.1 MT019415 KY966830.1 
Not 
available 
HM055099.1 MT019470 
14DT2 MT004883 HM054631.1 MT019416 MF409019.1 MT019355 HM055098.1 
Not 
available 
 HM054630.1 
 KY966540.1 
 AB593561.1 
PL-42 
D.densiflorum 
11DT2 MT004884 KJ210438.1 MT019410 AB847742.1 
Not 
available 
MG025946.1 
Not 
available 
MF579382.1 
11TT MT004885 KJ210436.1 MT019408 KF143661.1 MT019354 FJ216580.1 MT019464 KT792697.1 
11DT MT004886 KJ210435.1 MT019409 MG490231.1 
Not 
available 
JF713171.1 MT019465 
 HQ114255.1 KY966823.1 JF713170.1 
 HQ114254.1 MF409022.1 JF713169.1 
 MK522257.1 JF713168.1 
 JF713167.1 
 HM055096.1 
 KT778728.1 
D.pulchellum 
10TT MT004887 KY966577.1 Not available AB519778.1 
Not 
available 
KF177644.1 
Not 
available 
10DT MT004888 KJ210492.1 MT019430 AB519777.1 MT019369 AB519789.1 MT019463 
10DT2 MT004889 KF143503.1 MT019432 KF143712.1 MT019370 AB519790.1 
Not 
available 
10PN MT004890 AB593643.1 MT019431 KY966867.1 MT019371 MT019462 
D.salaccense 
 JN388577.1 AF445451.1 KF177648.1 
 KJ210494.1 KF177647.1 
 KF143506.1 
 HQ114260.1 
 MK522259.1 
 KJ210493.1 
D.secundum 
17DT MT004892 AY239993.1 MT019435 AB847862.1 
Not 
available 
 Not 
available 
17TT MT004893 MK522237.1 MT019434 KY966870.1 MT019367 MT019475 
 AB972355.1 AB972327.1 
 AB593660.1 
PL-43 
D.signatum 
2TT MT004894 AB972330.1 MT019436 AB972302.1 MT019374 MG324300.1 MT019453 
2DT MT004895 AB593662.1 MT019437 AB847864.1 MT019373 MT019454 
2PN MT004896 MT019438 MT019372 MT019455 
D.tortile 
32TT MT004897 MK522211.1 MT019445 AB847878.1 MT019361 MT019498 
 KY966585.1 KY966874.1 
 EU477511.1 
 AB593678.1 
D.venustum 
26TT MT004898 AB847676.1 MT019440 AB847886.1 MT019365 MT019486 
26DT MT004899 MT019441 
Not 
available 
 MT019487 
26L MT004900 MT019442 
Not 
available 
 MT019488 
29TT MT004901 MT019443 MT019364 MT019494 
D.parishii 
38RDT MT004902 KC568303.1 Unsubmitted 
Not 
available 
 MT019508 
 EU121417.1 
 KY966570.1 
 KX522639.1 
 KC205202.1 
 HM054736.1 
 HM054735.1 
 HM590378.1 
 KJ944629.1 
 MK522227.1 
 MK483284.1 
 AB972344.1 
 AB593630.1 
PL-44 
D.sulcatum 
5DT MT004903 KF143517.1 MT019439 KF143726.1 MT019358 KF177658.1 MT019458 MF579383.1 
 MK522262.1 KY966873.1 KY440172.1 
 EU477510.1 
 AB593670.1 
D.hancockii 
24DT MT004891 JN388591.1 MT019433 AB847771.1 MT019357 MT019485 
 DQ058787.1 GU565195.1 
 AF362025.1 KF143677.1 
 KF143467.1 FJ794051.1 
 HQ114259.1 
 KP159297.1 
 AB593575.1 
D.crystallinum 
35TT MT004866 AB593538.1 MT019405 AB847735.1 MT019351 FJ216564.1 
Not 
available 
35DT MT004867 KC205205.1 MT019406 GU565192.1 MT019352 KF177590.1 MT019503 
35PN MT004868 HQ114243.1 MT019407 KF143657.1 MT019353 KJ944594.1 MT019502 
 KJ944633.1 KF957852.1 KT778733.1 
 KT778764.1 MG490248.1 
 KY966693.1 
 AF445447.1 
D. Gatton 
sunray 
31TT MT004904 MT019444 
D. anosmum x 
D. parishii 
38TT MT004905 MT019448 MT019378 MT019505 
38DT MT004906 MT019449 MT019507 
38DT2 MT004907 MT019450 MT019506 
D. anosmum x 
D. aphyllum 
CN MT004908 MT019509 
PL-45 
Phụ lục 7: Thống kê các loài Dendrobium khu vực phía Nam phân định được bằng marker ITS, matK, rbcL, trnH-psbA 
+: phân định được, ―: không phân định được 
PL-46 
Phụ lục 8: Thống kê kết quả “Best Match/ Best Close Match” các trình tự Dendrobium khu vực phía Nam bằng marker ITS, 
ITS2, matK, rbcL, trnH-psbA 
Bảng 1 Thống kê kết quả “Best Match/ Best Close Match” các trình tự Dendrobium khu vực phía Nam bằng ITS, ITS2, matK 
Loài Mẫu 
ITS ITS2 matK 
Best Match (%) Best Close Match (%) Best Match (%) Best Close Match (%) Best Match (%) Best Close Match (%) 
Correct Ambiguous Incorrect Correct Ambiguous 
Incorre
ct 
No 
match 
Correct Ambiguous Incorrect Correct Ambiguous Incorrect 
No 
match 
Correct Ambiguous Incorrect Correct Ambiguous Incorrect 
No 
match 
D. aloifolium 
18TT 
18DT 
18PN 
D. amabile 
1DT 
1DT2 
1PN 
D. anosmum 
(synonym name 
D. superbum) 
27TT 
27DT 
6TT 
6DT 
15TT 
15DT 
15PN 
3TT 
3DT 
PL-47 
D. aphyllum 6PN 
D. capillipes 
28DT 
28PN 
D. chrysotoxum 
13TT 
13DT2 
13PN X 
D. cretaceum 
37TT 
37DT 
37PN 
D. crumenatum 
34TT 
34PN 
D. crystallinum 
35TT 
35DT 
35PN 
D. densiflorum 
11TT 
11DT 
11DT2 
D. farmeri 
14DT 
14DT2 
14PN 
D. fimbriatum 
22TT 
22DT 
22DT2 
21TT 
PL-48 
D. 
hercoglossum 
(synonym name 
D. linguella) 
21DT 
21PN 
33TT 
D. intricatum 
36TT 
36DT 
D. nobile 
30TT 
30DT 
30PN 
D. parishii 38R-DT 
D. primulinum 
28TT 
12TT 
12DT 
12PN 
D. pulchellum 
10TT 
10DT 
10DT2 
10PN 
D. hancockii 
(previously 
named 
D.salaccense) 
24DT 
D. secundum 
17TT 
17DT 
D. signatum 
2DT 
2PN 
PL-49 
2TT 
D. sulcatum 5DT 
D. tortile 32TT 
D. venustum 
26TT 
26DT 
26L 
29TT 
D. devonianum 
20TT 
20DT 
20DT2 
PL-50 
Bảng 2 Thống kê kết quả “Best Match/ Best Close Match” các trình tự Dendrobium khu vực phía Nam bằng rbcL, trnH-psbA 
Loài Mẫu 
rbcL trnH-psbA 
Best Match (%) Best Close Match (%) Best Match (%) Best Close Match (%) 
Correct Ambiguous Incorrect Correct Ambiguous Incorrect No match Correct Ambiguous Incorrect Correct Ambiguous Incorrect No match 
D. aloifolium 
18TT 
18DT 
18PN 
D. amabile 
1DT 
1DT2 
1PN 
D. anosmum 
(synonym name D. superbum) 
27TT 
27DT 
6TT 
6DT 
15TT 
15DT 
15PN 
3TT 
3DT 
D. aphyllum 6PN 
D. capillipes 
28DT 
28PN 
D. chrysotoxum 13TT 
PL-51 
13DT2 
13PN 
D. cretaceum 
37TT 
37DT 
37PN 
D. crumenatum 
34TT 
34PN 
D. crystallinum 
35TT 
35DT 
35PN 
D. densiflorum 
11TT 
11DT 
11DT2 
D. farmeri 
14DT 
14DT2 
14PN 
D. fimbriatum 
22TT 
22DT 
22DT2 
D. hercoglossum 
(synonym name D. linguella) 
21TT 
21DT 
21PN 
33TT 
D. intricatum 36TT 
PL-52 
36DT 
D. nobile 
30TT 
30DT 
30PN 
D. parishii 
38R-
DT 
D. primulinum 
28TT 
12TT 
12DT 
12PN 
D. pulchellum 
10TT 
10DT 
10DT2 
10PN 
D. hancockii 
(previously named 
D.salaccense) 
24DT 
D. secundum 
17TT 
17DT 
D. signatum 
2DT 
2PN 
2TT 
D. sulcatum 5DT 
D. tortile 32TT 
D. venustum 26TT 
PL-53 
26DT 
26L 
29TT 
D. devonianum 
20TT 
20DT 
20DT2 

File đính kèm:

  • pdfluan_an_nghien_cuu_xay_dung_co_so_du_lieu_trinh_tu_gen_de_nh.pdf
  • doc2021 Thong tin luan an TV_TA NCS Nguyen Nhu Hoa.doc
  • pdf2021 Tom tat luan an Tieng Anh Nguyen Nhu Hoa.pdf
  • pdfQĐ cấp Viện Nguyễn Như Hoa.pdf
  • pdfThong tin LA (T Viet_T Anh).pdf
  • pdfTom tat luan an Tieng Viet Nguyen Nhu Hoa.pdf