Luận án Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử phục vụ chọn tạo giống bí đỏ (Cucurbita spp.) có hàm lượng chất khô cao

 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRẦN THỊ HUỆ HƯƠNG 
NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN 
TẠO GIỐNG BÍ ĐỎ (CUCURBITA spp.) CÓ HÀM LƯỢNG CHẤT 
KHÔ CAO 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
Hà Nội - 2021 
 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRẦN THỊ HUỆ HƯƠNG 
NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN 
TẠO GIỐNG BÍ ĐỎ (CUCURBITA spp.) CÓ HÀM LƯỢNG CHẤT 
KHÔ CAO 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
 Chuyên ngành: Công nghệ sinh học 
 Mã số: 9420201 
 Người hướng dẫn khoa học: 
Hà Nội - 2021 
 i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan, đây là công trình nghiên cứu của tôi dưới sự hướng 
dẫn khoa học của PGS.TS Lã Tuấn Nghĩa, các số liệu và kết quả nghiên cứu 
trong luận án này là trung thực và chưa từng được công bố trong bất kỳ một 
công trình nào khác. 
Tôi xin cam đoan rằng, mọi sự giúp đỡ, hợp tác cho việc thực hiện luận 
án này đã được cảm ơn và các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được 
chỉ dẫn rõ nguồn gốc. 
 Tác giả luận án 
 NCS Trần Thị Huệ Hương 
 ii 
LỜI CẢM ƠN 
 Để hoàn thành luận án này, nghiên cứu sinh đã nhận được sự quan tâm 
giúp đỡ nhiệt tình của các Thầy, Cô giáo, các tập thể, cá nhân cùng bạn bè 
đồng nghiệp và gia đình. 
 Nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc nhất tới PGS.TS Lã 
Tuấn Nghĩa – Giám đốc Trung tâm Tài nguyên thực vật người thầy vô cùng 
tâm huyết, luôn động viên, chỉ bảo để nghiên cứu sinh thực hiện luận án một 
cách tốt nhất, cảm ơn TS. Hoàng Thị Huệ, Trưởng bộ môn Công nghệ sinh 
học, Trung tâm tài nguyên thực vật và TS. Lê Thị Thu Trang cùng nhóm tác 
giả đề tài luôn tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình thực hiện 
đề tài và và hoàn thành luận án. 
 Nghiên cứu sinh xin chân thành cảm ơn Lãnh đạo Trung tâm Tài 
nguyên thực vật, bạn bè, đồng nghiệp là nơi sinh hoạt chuyên môn đã tạo điều 
kiện thuận lợi nhất cho tôi trong quá trình học tập và thực hiện đề tài. 
 Nghiên cứu sinh xin chân thành cảm ơn các Thầy, Cô giáo giảng dạy 
các học phần tiến sĩ, các Thầy, Cô là thành viên của Hội đồng đánh giá luận 
án các cấp, đặc biệt là hai phản biện độc lập đã có những góp ý rất quý báu 
cho luận án; xin cảm ơn lãnh đạo và các anh, chị em Ban Thông tin và Đào 
tạo, cũng như cán bộ của các Ban trong VAAS luôn động viên, tận tình giúp 
đỡ, tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Đặc 
biệt xin cảm ơn các phản biện độc lập đã có những nhận xét chi tiết, giúp 
nghiên cứu sinh chỉnh sửa, hoàn thiện luận án tốt hơn. 
 Cuối cùng, tôi vô cùng biết ơn Ba, Mẹ, các thành viên trong gia đình đã 
luôn bên cạnh, động viên khích lệ, tiếp thêm sức mạnh và nghị lực để tôi hoàn 
thiện công trình nghiên cứu này. 
 Nghiên cứu sinh xin chân thành cảm ơn! 
 Hà Nội, ngày 21 tháng 12 năm 2021 
 Tác giả 
 NCS. Trần Thị Huệ Hương 
iii 
MỤC LỤC 
LỜI CAM ĐOAN ........................................................................................... i 
LỜI CẢM ƠN ................................................................................................. ii 
MỤC LỤC ..................................................................................................... iii 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ..................................................................... vi 
DANH MỤC BẢNG . ix 
DANH MỤC HÌNH .... x 
MỞ ĐẦU ........................................................................................................ I 
1. Tính cấp thiết của đề tài nghiên cứu ....................................................... 1 
2. Mục tiêu của đề tài .................................................................................. 2 
3.1. Ý nghĩa khoa học ..................................................................................... 3 
3.2. Ý nghĩa thực tiễn ..................................................................................... 3 
4. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu ............................................................ 3 
4.1. Đối tượng nghiên cứu .............................................................................. 3 
4.2. Phạm vi, thời gian nghiên cứu ................................................................. 3 
5. Những đóng góp mới của luận án ............................................................ 3 
CHƯƠNG I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ 
TÀI ................................................................................................................ 3 
1.1. Cơ sở khoa học của đề tài ........................................................................ 5 
1.2. Tổng quan tình hình nghiên cứu cây bí đỏ ............................................... 6 
1.2.1. Nguồn gốc và phân loại nguồn gen bí đỏ .............................................. 6 
1.2.2. Đặc điểm thực vật và đặc điểm sinh sản của cây bí đỏ .......................... 8 
1.2.3. Yêu cầu về điều kiện sinh thái ............................................................ 10 
1.3. Vai trò, giá trị sử dụng của cây bí đỏ ..................................................... 11 
1.3.1. Giá trị dinh dưỡng và sử dụng của cây bí đỏ ....................................... 11 
1.3.2. Hàm lượng chất khô bí đỏ .................................................................. 14 
1.4. Tình hình nghiên cứu sản xuất bí đỏ trên thế giới và Việt Nam ............. 17 
1.4.1. Tình hình nghiên cứu sản xuất bí đỏ trên thế giới ............................... 17 
iv 
1.4.2. Tình hình nghiên cứu sản xuất bí đỏ ở Việt Nam ................................ 18 
1.5. Nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen bí đỏ ...................................... 19 
1.5.1. Nghiên cứu đa dạng di truyền cây bí đỏ bằng chỉ thị hình thái ............ 20 
1.5.2. Nghiên cứu đa dạng di truyền cây bí đỏ bằng chỉ thị phân tử ADN .... 23 
1.6. Nghiên cứu bản đồ di truyền phân tử nguồn gen bí đỏ ........................... 30 
1.7. Một số nhận xét rút ra từ tổng quan tài liệu ........................................... 33 
CHƯƠNG II. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . 
.... 36 
2.1. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................... 36 
2.1.1. Các mẫu giống bí đỏ sử dụng làm vật liệu .......................................... 36 
2.1.2. Chỉ thị phân tử SSR ............................................................................ 36 
2.2. Nội dung nghiên cứu ............................................................................. 37 
2.3. Thời gian và địa điểm nghiên cứu .......................................................... 37 
2.4. Phương pháp nghiên cứu ....................................................................... 38 
2.4.1. Phương pháp mô tả, đánh giá đặc điểm nông sinh học chính của các 
mẫu giống bí đỏ............................................................................................ 39 
2.4.2. Phương pháp phân tích các chỉ tiêu hóa sinh liên quan đến chất lượng
 ..................................................................................................................... 42 
2.4.3. Phương pháp xác định mẫu giống bí đỏ triển vọng ............................. 45 
2.4.4. Phương pháp đánh giá đa dạng di truyền của các mẫu giống bí đỏ sử 
dụng chỉ thị phân tử SSR .............................................................................. 46 
2.4.5. Phương pháp xác định chỉ thị liên kết với tính trạng hàm lượng 
chất khô ....................................................................................................... 48 
2.4.6. Phương pháp xử lý số liệu và phân tích kết quả .................................. 49 
CHƯƠNG III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ...................... 50 
3.1. Kết quả đánh giá đặc điểm nông sinh học chính của các mẫu giống bí đỏ 
nghiên cứu .................................................................................................... 50 
3.1.1. Khả năng sinh trưởng và phát triển của các mẫu giống bí đỏ ............. 50 
v 
3.1.2. Đánh giá năng suất và các yếu tố cấu thành năng suất ..................... 59 
3.1.3. Đánh giá một số chỉ tiêu chất lượng của các mẫu giống bí đỏ ............ 62 
3.1.4. Xác định một số mẫu giống bí đỏ triển vọng sử dụng làm vật liệu chọn 
tạo giống và giới thiệu sản xuất theo hướng hàm lượng chất khô, năng suất 
cao. .............................................................................................................. 66 
3.2. Kết quả đánh giá đa dạng di truyền các mẫu giống bí đỏ sử dụng chỉ 
thị phân tử .................................................................................................. 70 
3.2.1. Kết quả tách chiết và tinh sạch ADN tổng số ...................................... 70 
3.2.2. Đánh giá sự đa hình của các chỉ thị SSR với tập đoàn bí đỏ nghiên cứu
 ..................................................................................................................... 71 
3.2.3. Quan hệ di truyền giữa các mẫu giống bí đỏ trong tập đoàn ............. 71 
3.3. Xác định chỉ thị phân tử liên kết hàm lượng chất khô cao phục vụ 
chọn tạo giống bí đỏ chất lượng ................................................................. 82 
3.3.1. Lựa chọn bố mẹ và lai tạo, đánh giá, chọn lọc tổ hợp lai F1 thích hợp 
cho nghiên cứu ............................................................................................. 82 
3.3.2. Đánh giá hàm lượng chất khô ở quần thể con lai F2 ........................... 90 
3.3.3. Đánh giá kiểu gen của giống bố mẹ và quần thể F2 ............................ 93 
3.3.4. Xây dựng bản đồ liên kết di truyền ở cây bí đỏ và xác điṇh chỉ thi ̣liên 
kết với tính traṇg hàm lươṇg chất khô .......................................................... 95 
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ......................................................................... 101 
1. Kết luận ................................................................................................. 101 
2. Đề nghị .................................................................................................. 102 
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ ...................................... .... 
LIÊN QUAN TỚI LUẬN ÁN ..................................................................... 103 
TÀI LIỆU THAM KHẢO ........................................................................... 104 
DANH MỤC CÁC PHỤ LỤC .................................................................... 119 
vi 
 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT 
Chữ viết tắt Diễn giải 
ADN Axít Deoxyribonucleic (Deoxyribonucleic acid) 
AFLP Đa hình chiều dài đoạn nhân bản (Amplified Fragment Length 
Polymorphism) 
AVRDC Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Rau Châu Á; nay là 
Trung tâm Rau Thế giới (Asian Vegetable Research and 
Development Centre; now changed to World Vegetable 
Center) 
Bp Cặp bazơ (Base pairs) 
RCB Khối Ngẫu nhiên đủ (Randomized Completely Block) 
CTAB Dung dịch đệ ...  55 32 36 65 6 Like: -1.80 
7: 42 64 25 5 55 6 32 36 65 Like: -1.92 
8: 42 64 6 25 5 55 32 36 65 Like: -2.01 
9: 6 64 25 5 55 32 36 65 42 Like: -2.30 
10: 6 55 5 25 64 42 65 36 32 Like: -2.32 
11: 42 64 25 5 55 6 36 65 32 Like: -2.47 
12: 6 5 25 64 42 65 36 32 55 Like: -2.68 
13: 42 64 25 6 5 55 32 65 36 Like: -2.71 
14: 6 42 64 25 5 55 32 36 65 Like: -2.72 
15: 42 64 25 5 55 6 32 65 36 Like: -2.97 
16: 42 64 65 36 32 55 5 25 6 Like: -2.98 
17: 42 64 6 25 5 55 32 65 36 Like: -3.07 
18: 5 25 64 42 65 36 32 55 6 Like: -3.15 
19: 42 64 25 5 6 36 65 32 55 Like: -3.20 
20: 25 64 42 65 36 32 55 5 6 Like: -3.35 
order1 is set 
27> make chromosome c4 
chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 
28> seq order1 
sequence #9= order1 
29> attach c4 
42 - attached to c4 
64 - attached to c4 
25 - attached to c4 
5 - attached to c4 
6 - attached to c4 
55 - attached to c4 
32 - attached to c4 
36 - attached to c4 
162 
65 - attached to c4 
ok 
30> frame c4 
setting framework for chromosome c4... 
=======================================================
======================== 
c4 framework: 
 Markers Distance 
 42 CMTmC15 16.4 cM 
 64 CMTm96 15.3 cM 
 25 CMTm188 15.2 cM 
 5 CMTm83 18.0 cM 
 6 CMTm233 19.7 cM 
 55 CMTm207 17.3 cM 
 32 CMTmC61 16.7 cM 
 36 CMTm230 14.7 cM 
 65 CMTm236 ---------- 
 133.3 cM 9 markers log-likelihood= -339.08 
=======================================================
======================== 
31> seq {group5} 
sequence #10= {group5} 
32> compare 
Best 20 orders: 
1: 24 54 10 45 57 7 Like: 0.00 
2: 7 54 24 57 45 10 Like: -0.72 
3: 24 54 7 57 45 10 Like: -1.01 
4: 7 54 24 10 45 57 Like: -1.18 
5: 54 24 10 45 57 7 Like: -1.65 
6: 7 24 54 10 45 57 Like: -1.81 
7: 7 54 24 57 10 45 Like: -1.86 
8: 24 54 7 57 10 45 Like: -2.37 
9: 54 24 7 57 45 10 Like: -3.01 
10: 24 54 10 45 7 57 Like: -3.42 
11: 45 10 54 24 57 7 Like: -3.50 
12: 24 54 7 45 10 57 Like: -3.79 
13: 45 10 24 54 7 57 Like: -3.92 
14: 7 54 24 10 57 45 Like: -4.11 
15: 54 24 57 10 45 7 Like: -4.23 
16: 45 10 54 24 7 57 Like: -4.27 
163 
17: 54 24 7 57 10 45 Like: -4.37 
18: 24 54 10 57 45 7 Like: -4.51 
19: 7 54 10 45 57 24 Like: -4.57 
20: 7 24 54 10 57 45 Like: -4.74 
order1 is set 
33> make chromosome c5 
chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 
34> seq order1 
sequence #11= order1 
35> attach c5 
24 - attached to c5 
54 - attached to c5 
10 - attached to c5 
45 - attached to c5 
57 - attached to c5 
7 - attached to c5 
ok 
36> frame c5 
setting framework for chromosome c5... 
=======================================================
======================== 
c5 framework: 
 Markers Distance 
 24 CMTm10 13.9 cM 
 54 CMTp182 17.8 cM 
 10 CMTm261 14.9 cM 
 45 CMTm47 16.7 cM 
 57 CMTmC16 18.6 cM 
 7 CMTp39 ---------- 
 81.9 cM 6 markers log-likelihood= -230.39 
=======================================================
======================== 
37> seq {group6} 
sequence #12= {group6} 
38> compare 
Best 20 orders: 
1: 46 11 44 50 9 31 62 43 Like: 0.00 
2: 31 9 50 44 11 62 43 46 Like: -0.15 
3: 46 11 44 50 31 9 62 43 Like: -0.50 
4: 31 9 50 44 11 46 62 43 Like: -1.12 
164 
5: 31 9 50 44 11 46 43 62 Like: -1.63 
6: 46 11 50 44 31 9 62 43 Like: -1.78 
7: 31 9 50 44 46 11 62 43 Like: -1.86 
8: 46 11 44 31 50 9 62 43 Like: -2.36 
9: 31 44 11 50 9 62 43 46 Like: -2.49 
10: 44 50 11 46 43 62 9 31 Like: -2.75 
11: 46 11 44 50 9 62 43 31 Like: -2.97 
12: 31 9 50 11 44 62 43 46 Like: -3.02 
13: 50 44 11 46 43 62 9 31 Like: -3.14 
14: 31 11 44 50 9 62 43 46 Like: -3.28 
15: 31 50 9 62 43 46 11 44 Like: -3.29 
16: 44 11 50 9 31 62 43 46 Like: -3.49 
17: 46 11 50 9 31 44 62 43 Like: -3.62 
18: 46 11 44 50 43 62 9 31 Like: -3.70 
19: 44 31 9 50 11 62 43 46 Like: -3.74 
20: 31 44 11 46 50 9 62 43 Like: -3.78 
order1 is set 
39> make chromosome c6 
chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 
40> seq order1 
sequence #13= order1 
41> attach c6 
46 - attached to c6 
11 - attached to c6 
44 - attached to c6 
50 - attached to c6 
9 - attached to c6 
31 - attached to c6 
62 - attached to c6 
43 - attached to c6 
ok 
42> frame c6 
setting framework for chromosome c6... 
=======================================================
======================== 
c6 framework: 
 Markers Distance 
 46 CMTmC22 17.6 cM 
 11 CMTp188 16.3 cM 
 44 CMTm214 17.3 cM 
 50 CMTmC40 15.6 cM 
165 
 9 CMTmC21 18.6 cM 
 31 CMTm49 21.9 cM 
 62 CMTp177 18.0 cM 
 43 CMTp18 ---------- 
 125.3 cM 8 markers log-likelihood= -315.58 
=======================================================
======================== 
43> seq {group7} 
sequence #14= {group7} 
44> compare 
Best 20 orders: 
1: 12 21 61 68 29 58 Like: 0.00 
2: 21 61 68 29 58 12 Like: -0.69 
3: 58 21 61 68 29 12 Like: -1.67 
4: 21 61 68 58 29 12 Like: -2.70 
5: 12 29 58 21 61 68 Like: -3.07 
6: 21 61 68 29 12 58 Like: -3.20 
7: 12 58 21 61 68 29 Like: -3.28 
8: 12 21 61 68 58 29 Like: -3.63 
9: 58 29 12 21 61 68 Like: -3.88 
10: 58 12 21 61 68 29 Like: -3.96 
11: 21 61 68 12 29 58 Like: -5.02 
12: 12 58 29 21 61 68 Like: -5.10 
13: 29 58 21 61 68 12 Like: -5.18 
14: 58 61 21 68 29 12 Like: -5.34 
15: 29 58 12 21 61 68 Like: -5.39 
16: 61 21 68 29 58 12 Like: -5.59 
17: 58 29 21 61 68 12 Like: -5.62 
18: 12 61 21 68 29 58 Like: -5.62 
19: 12 29 21 61 68 58 Like: -5.67 
20: 29 12 21 61 68 58 Like: -5.91 
order1 is set 
45> make chromosome c7 
chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 
46> seq order1 
sequence #15= order1 
47> attach c7 
12 - attached to c7 
21 - attached to c7 
61 - attached to c7 
166 
68 - attached to c7 
29 - attached to c7 
58 - attached to c7 
ok 
48> frame c7 
setting framework for chromosome c7... 
=======================================================
======================== 
c7 framework: 
 Markers Distance 
 12 CMTp224 20.3 cM 
 21 CMTm88 7.8 cM 
 6 CMTp264 10.4 cM 
 68 CMTm130 15.4 cM 
 29 CMTm204 16.4 cM 
 58 CMTm164 ---------- 
 70.3 cM 6 markers log-likelihood= -215.45 
=======================================================
======================== 
49> seq {group8} 
sequence #16= {group8} 
50> compare 
Best 20 orders: 
1: 15 23 16 27 18 Like: 0.00 
2: 15 23 27 16 18 Like: -1.07 
3: 18 23 16 27 15 Like: -1.50 
4: 18 15 23 16 27 Like: -2.02 
5: 15 23 16 18 27 Like: -2.10 
6: 15 18 23 16 27 Like: -2.15 
7: 15 23 18 16 27 Like: -2.78 
8: 18 16 23 15 27 Like: -3.22 
9: 18 16 23 27 15 Like: -3.64 
10: 15 16 23 27 18 Like: -3.92 
11: 15 16 23 18 27 Like: -4.01 
12: 15 18 16 23 27 Like: -4.18 
13: 18 23 15 16 27 Like: -4.52 
14: 18 16 15 23 27 Like: -4.74 
15: 18 23 27 16 15 Like: -4.78 
16: 18 23 16 15 27 Like: -5.05 
17: 15 23 18 27 16 Like: -5.49 
18: 23 16 27 18 15 Like: -5.72 
167 
19: 18 15 23 27 16 Like: -5.73 
20: 16 23 15 27 18 Like: -5.90 
order1 is set 
51> make chromosome c8 
chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 
52> seq order1 
sequence #17= order1 
53> attach c8 
15 - attached to c8 
23 - attached to c8 
16 - attached to c8 
27 - attached to c8 
18 - attached to c8 
ok 
54> frame c8 
setting framework for chromosome c8... 
=======================================================
======================== 
c8 framework: 
 Markers Distance 
 15 CMTmC31 8.7 cM 
 23 CMTm48 6.4 cM 
 16 CMTp252 8.8 cM 
 27 comp7228 11.2 cM 
 18 CMTm209 ---------- 
 35.2 cM 5 markers log-likelihood= -153.65 
=======================================================
======================== 
55> seq {group9} 
sequence #18= {group9} 
56> compare 
Best 20 orders: 
1: 41 19 69 71 35 Like: 0.00 
2: 69 71 35 41 19 Like: -1.01 
3: 69 19 41 35 71 Like: -2.51 
4: 19 69 71 35 41 Like: -2.77 
5: 41 19 69 35 71 Like: -3.05 
6: 35 41 19 69 71 Like: -3.37 
7: 69 35 71 19 41 Like: -4.48 
8: 19 41 69 71 35 Like: -4.88 
168 
9: 69 71 35 19 41 Like: -4.90 
10: 19 41 35 69 71 Like: -5.29 
11: 69 71 19 41 35 Like: -5.46 
12: 69 19 71 35 41 Like: -5.61 
13: 69 19 41 71 35 Like: -5.92 
14: 35 69 71 19 41 Like: -6.42 
15: 69 41 19 71 35 Like: -7.13 
16: 69 35 71 41 19 Like: -7.47 
17: 19 41 69 35 71 Like: -7.87 
18: 69 35 41 19 71 Like: -8.70 
19: 41 69 19 71 35 Like: -8.85 
20: 19 69 35 71 41 Like: -9.09 
order1 is set 
57> make chromosome c9 
chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 
58> seq order1 
sequence #19= order1 
59> attach c9 
41 - attached to c9 
19 - attached to c9 
69 - attached to c9 
71 - attached to c9 
35 - attached to c9 
ok 
60> frame c9 
setting framework for chromosome c9... 
=======================================================
======================== 
c9 framework: 
 Markers Distance 
 41 CMTm219 13.5 cM 
 19 CMTmC33 14.5 cM 
 69 CMTmC3 13.2 cM 
 71 CMTp97 12.4 cM 
 35 CMTp84 ---------- 
 53.6 cM 5 markers log-likelihood= -184.30 
=======================================================
======================== 
61> seq {group10} 
sequence #20= {group10} 
169 
62> compare 
Best 20 orders: 
1: 22 48 33 59 60 34 49 Like: 0.00 
2: 22 48 33 59 49 34 60 Like: -1.32 
3: 22 48 33 59 60 49 34 Like: -1.65 
4: 22 48 59 33 49 34 60 Like: -2.75 
5: 59 22 48 33 49 34 60 Like: -3.16 
6: 33 48 22 59 60 34 49 Like: -3.26 
7: 49 34 22 48 33 59 60 Like: -3.51 
8: 48 22 59 33 49 34 60 Like: -3.70 
9: 22 59 33 48 60 34 49 Like: -3.75 
10: 33 59 22 48 60 34 49 Like: -3.95 
11: 34 49 33 48 22 59 60 Like: -4.07 
12: 59 33 48 22 34 49 60 Like: -4.08 
13: 33 48 22 59 49 34 60 Like: -4.47 
14: 33 48 22 59 60 49 34 Like: -4.84 
15: 22 48 33 59 34 49 60 Like: -5.00 
16: 34 49 33 59 22 48 60 Like: -5.12 
17: 22 59 33 48 60 49 34 Like: -5.50 
18: 59 33 48 22 60 34 49 Like: -5.59 
19: 49 34 33 48 22 59 60 Like: -5.68 
20: 33 59 22 48 60 49 34 Like: -5.70 
order1 is set 
63> make chromosome c10 
chromosomes defined: c1 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 
64> seq order1 
sequence #21= order1 
65> attach c10 
22 - attached to c10 
48 - attached to c10 
33 - attached to c10 
59 - attached to c10 
60 - attached to c10 
34 - attached to c10 
49 - attached to c10 
ok 
66> frame c10 
setting framework for chromosome c10... 
=======================================================
======================== 
c10 framework: 
170 
 Markers Distance 
 22 CMTp127 11.7 cM 
 48 CMTm206 11.6 cM 
 33 CMTp33 12.1 cM 
 59 CMTm255 19.6 cM 
 60 CMTm235 17.7 cM 
 34 CMTm65 12.9 cM 
 49 CMTp176 ---------- 
 85.6 cM 7 markers log-likelihood= -252.28 
=======================================================
======================== 
67> save data 
saving genotype data in file 'CKBD.DAT'... ok 
saving map data in file 'CKBD.MAP'... ok 
saving two-point data in file 'CKBD.2PT'... ok 
68> quit 
save data before quitting? [yes] y 
saving map data in file 'CKBD.MAP'... ok 
 ...goodbye...